农村废弃小学的确权问题主要涉及土地所有权的归属。根据相关法律法规，农村废弃小学的土地使用权一般所有权属于农村集体所有，归学校使用。具体来说，农村废弃学校的土地所有权属于农村集体，可以办理转让手续，但开办小学需符合教育法规定条件。
在具体操作上，可以向国土资源局申请办理产权登记，以明确土地所有权。此外，如果村集体资产出租，受益者应当是集体本身，村委会可以收取租金，但收入和使用的公开透明是必要的，村民也有权要求公开相关信息。
建议在具体操作前，咨询当地国土资源局或通过村委会了解详细的产权登记流程和所需材料，以确保确权的顺利进行。