安庆市高琦小学之所以命名为“高琦小学”，是因为它 以在1921年“六二”学运中牺牲的姜高琦烈士的姓名而命名。姜高琦烈士在当年的学运中表现出了英勇的斗争精神，最终英勇牺牲，为了纪念他，学校以他的名字命名，以此激励学生继承和发扬他的精神。
高琦小学始建于1929年，初名为“安徽省立高琦小学校”，当时只有3个班，120名学生和9名教员。首任校长是“六二”学潮中身负重伤的戴文秀先生。学校后来经历了多次更名和迁移，包括1931年更名为“安徽省会高琦小学校”并设立幼稚园，1934年更名为“安徽省立安庆高琦小学校”，以及在1938年安庆沦陷时停办，后于1942年迁校于立煌县（今金寨县），并在1946年春在原安庆市天柱阁小学旧址复校至今。
高琦小学不仅是安徽省的实验小学，还获得了联合国教科文组织俱乐部学校、全国现代教育技术实验学校、教育部依法治校示范校和全国科学教育实验基地等荣誉称号。