燕子矶地区有多所小学，以下是其中几所：
燕子矶小学
燕子矶小学的前身为上元县西区第二所慈仁初等小学堂，光绪三十二年（1906年）4月由曹怡懋就慈仁义塾改设，校舍为燕子矶脚下的慈仁乡关帝庙。后来，慈仁乡改称“北固乡”，而这所学校也就更名为“江宁北固乡第一初级小学”。
晓庄小学
晓庄小学是1927年3月5日由伟大的人民教育家陶行知先生在中国创办的第一所学校。2018年9月新建复校，现在的晓庄小学是栖霞区教育局直属公办性质，小学8轨规模，与南京晓庄学院附属小学实行一体化办学与管理。学校坐落于燕子矶新城寅春西路99号，占地面积53亩，总建筑面积28501平方米。
幕府山庄小学
南京市幕府山庄小学始建于2000年，是一所年轻而富有活力的江苏省实验小学。
南京市晓庄第二小学
2018年9月，南京市新增两所“晓庄”金字招牌小学，分别是南京市晓庄小学和南京市晓庄第二小学，校长均来自老牌名校南京晓庄学院附属小学。
南京市观音门小学
燕子矶新城观音门小学及幼儿园地块位于燕子矶新城，东临嵩山路，南临燕化一路，西临黄山路和临江北路，北至新燕路。A分区为规划36班小学用地。
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