学校查小学学籍的主要原因包括：
确保入学手续合法合规：
学籍核查旨在确认每位学生的入学手续是否合法且合规，防止虚假学籍信息的出现，并避免学校之间的重复招生现象，确保教育环境的公平性。
核实学生身份和学籍信息：
通过查验证工作，学校可以减少非法入学和信息不真实情况的发生，为学生的学习和生活提供保障。
保障学生权益：
学籍信息的准确性和完整性对于保障学生的合法权益至关重要，有助于教育部门进行更精准的资源分配和规划。
维护教育公平：
学籍核查有助于维护教育公平，防止因学籍问题导致的教育机会不均等。
建立和更新学籍档案：
学校需要为每位适龄儿童建立学籍档案，记录其基本信息、入学信息、预防接种记录等，以便于学生转移学籍时档案能够迅速移交。
数据质量核查：
教育部要求加快问题学籍处理和建立数据质量核查机制，以提高全国学籍系统学生信息质量，发挥学籍信息在教育治理和服务学生、家长中的基础性作用。
学籍变动管理：
及时更新学籍信息，确保学籍变动的准确记录，便于学校和教育部门掌握学生动态，为升学、转学等提供依据。
综上所述，学校查小学学籍是为了确保教育过程的合法性、公平性和透明度，同时为学生提供必要的教育支持和法律保障。