农村小学收取学费的原因主要可以归纳为以下几点：
民办性质：
农村小学可能是民办小学，而民办小学通常以盈利为目的，因此需要收取学费。
额外费用：
学费并不包括所有费用，学校还会收取教材费用、辅助学习材料费用、保险费、校服费用等。这些费用是为了丰富学生的学习内容、提高学习效果以及保障学生的安全和健康。
政策执行：
虽然九年义务教育是免费的，但具体执行过程中可能会有额外收费项目。例如，一些学校可能会收取代办项目费用，如学生吃饭的代伙费等，这些费用可能会被家长习惯性地称为“学费”。
地区差异：
不同地区的收费情况可能有所不同，一些地区可能会有一些额外的费用需要支付，如教辅资料费、饮水费、看护费等。
综上所述，农村小学收取学费主要是由于学校性质、额外费用和政策执行等多种因素导致的。家长需要了解这些费用的具体构成，以便更好地规划家庭预算。