农村水井的申请程序一般包括以下几个步骤：
提出申请
无论是个人还是集体，首先需要向当地的村委会或水利部门提出书面申请，说明打井的目的、位置和规模等信息。
实地勘察与审批
相关部门会对申请地点进行实地勘察，核实相关情况，包括地质条件、水资源情况等，并形成勘察报告。
预算与报告编制
申请人需要编制详细的预算报告，包括打井费用、材料费用等，并提交相关部门审批。
办理手续与许可
根据不同用途（如经营性用水或自用），需要办理相应的取水许可证。具体流程包括提交申请、初核、复审和公示后审批。审批通过后，将获得取水权利。
钻井与验收
获得批准后，申请人可以开始钻井。钻井完成后，需要经过相关部门的联合验收，确保井的建设和使用符合规定。
安装与使用
验收合格后，申请人可以安装机井并进行使用。在使用过程中，需要遵守相关节水措施和规定。
建议：
在申请过程中，建议与当地的村委会、水利部门或农村水务管理机构保持密切沟通，确保申请流程顺利进行。
根据当地政策和实际情况，可能还需要提供其他相关材料和手续，如土地证、身份证等。