小学生医保的扣费时间主要根据是否首次参加保险而有所不同：
首次参加保险
如果是在当年6月至10月期间申请新保险的，儿童医疗保险费的收取时间为每年9月20日至10月30日，社保机构通过银行统一收取费用。
已经参加保险
已参保儿童的医疗保险费扣费时间为每年9月20日至9月30日，社保机构通过银行收取费用。如果被保险儿童在当年9月30日之前没有领取儿童医疗保险费，系统将自动停止保险。
建议
家长需要确保在每年的9月20日至9月30日期间关注银行账户，以便及时扣款并维持保险效力。
如果错过扣款日期，需要及时联系社保机构或学校，了解补交方式，避免因未及时缴费导致保险中断。