菏泽市实验小学目前分为以下几个校区：
南校区：
位于府南街，是学校的其中一个主要校区。
北校区：
位于牡丹区北城街道办事处，是学校的另一个重要校区。
菏泽学院校区：
位于菏泽学院内，是学校的第三个校区。
中山路校区：
位于中山路，是近年来新建的校区，用以缓解学位紧张的情况。
长江路校区：
位于长江路，是另一个新建的校区。
育才路校区：
位于育才路，也是近年来新建的校区之一。
中华路校区：
位于中华路，是计划中将要改建的校区。
以上信息根据最近的数据更新整理得出，具体校区可能会有变动，建议联系学校或当地教育部门获取最新信息