征地程序违法的处罚主要包括以下几种情形：
责令限期改正:
对于程序违法的征地行为，县级以上人民政府土地主管部门将责令其限期改正。
没收违法所得:
违法征地行为涉及的违法所得将被没收。
罚款:
除了没收违法所得外，还将处以罚款。
行政赔偿:
被征地人有权申请行政复议或提起行政诉讼，如果征地主体的行为同时构成对被征地人合法权益的侵害，还必须依照《国家赔偿法》的规定承担行政赔偿责任。
刑事责任:
构成犯罪的，将依法追究刑事责任。
行政处分:
对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，根据情节轻重，可以依法给予行政处分，包括警告、记过、降级、撤职、开除等。
经济制裁:
根据具体情况，还可以给予经济制裁，如退还土地、赔偿经济损失等。
综上所述，征地程序违法的处罚措施多样，旨在纠正违法行为、保护被征地人的合法权益，并追究相关责任人的法律责任。被征地人应充分利用法律赋予的救济途径，维护自身权益。