刷完程序后，车辆能否通过年检主要取决于改装的级别和是否对车辆硬件进行了改动。以下是具体的年检要求：
一阶程序
只修改ECU数据，不改变排气、三元催化器等硬件的原厂状态。
通常可以通过年检，无需进行额外硬件改动。
二阶程序
修改ECU数据，并可能需要使用高流量三元催化器。
在某些情况下，通过更换高流量三元催化器，二阶程序的车辆也可以顺利通过年检。
三阶程序
通常涉及更深入的硬件改动，可能会影响车辆的安全性能和排放性能。
刷三阶程序的车辆很可能无法通过年检，因为改动过多，可能不符合相关法规和标准。
建议
选择合适的程序级别：如果希望车辆通过年检，建议选择一阶或二阶程序，并根据需要更换高流量三元催化器。
咨询专业人士：在刷程序前，建议咨询专业的汽车改装店或技术人员，了解具体的改装方案和可能存在的风险。
保留相关文件：在年检时，车主应携带相关证明文件，如改装后的车辆登记证、改装发票等，以证明车辆的改装情况，避免因文件不全而产生麻烦。
通过以上措施，可以最大限度地确保刷完程序后的车辆能够顺利通过年检。