当程序轻微违法时，法院的判决主要依据《中华人民共和国行政诉讼法》第74条以及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉的解释》第96条。具体判罚如下：
确认违法但不撤销行政行为
如果程序轻微违法，并且对原告的权利没有产生实际影响，法院可以判决确认该行政行为违法，但不会撤销该行政行为。
驳回诉讼请求
在某些情况下，即使存在程序轻微违法，如果法院认为该违法不构成对原告权利的实质损害，可能会选择驳回原告的诉讼请求。
程序瑕疵的处理
对于一些技术性错误，如笔误或计算错误，法院可能会将其视为程序瑕疵，并不构成行政行为违法，仅在判决中予以指正，并据此驳回诉讼请求。
建议
在实际案件中，法院会根据具体情形综合判断是否构成程序轻微违法，并据此作出相应的判决。建议当事人在面对程序轻微违法的情况时，充分评估其法律影响，并在必要时寻求专业法律帮助。