合肥工业大学计算机科学与技术专业主要培养德、智、体等方面全面发展，掌握数学与自然科学基础知识以及计算机、网络与信息系统相关的基本理论、基本知识、基本技能和基本方法，具有较强的专业能力和良好的综合素质的高级专门人才。专业课程包括高级语言程序设计、离散数学、电子技术、数字逻辑、面向对象程序设计、计算机组成与体系结构、数据结构、编译原理、操作系统、数据库、微型计算机原理与汇编语言、软件工程、计算机网络等。
此外，该专业还注重实践能力的培养，学生可以通过各种国际国内科技创新能力竞赛，如全国智能车控制竞赛、全国挑战杯大学生创业竞赛等活动来提升自己的实际应用能力。毕业生可以在计算机及相关领域进行科学研究、软硬件及网络系统的设计、开发、应用和管理，也可以在高等院校从事相关的教学、科研等工作。
最近，合肥工业大学计算机与信息学院还新开设了人工智能相关课程，如《人工智能基础》、《AI+信息安全》、《AI+通信工程》、《AI+电子工程》等，旨在培养学生的创新能力和素质，使他们能够在未来的学习和工作中更好地应用人工智能技术。