建设工程程序的审计流程一般包括以下几个步骤：
收集工程相关的文件资料
施工合同、招投标文件、编制标底等工程相关文件资料是工程决算编制的指导性文件，必须进行收集整理，并详细了解。
熟悉竣工图纸
竣工图是审计决算分项数量的重要依据，必须全面熟悉了解，核对所有图纸，清点无误后依次识读。
了解决算包括的范围
根据决算编制说明，了解决算包括的工程内容，例如配套设施、室外管线、道路以及会审图纸后的设计变更等。
弄清所采用的单位估价表
任何单位估价表或预算定额都有一定的适用范围，应根据工程性质，收集熟悉相应的单价、定额资料。
建设项目跟踪审计
在建设项目正式立项时，即将其纳入审计视野，关注各项前期准备工作，正式进点时间可安排在即将正式开工前。
审计组应在项目现场设立办公场所，与被审计单位建立定期例会制度，参加被审计单位的重要例会，及时了解、掌握项目有关情况，提出审计意见，并作好会议记录。
对中标合同价进行控制，不允许施工现场随意变更设计、增项、减项、扩大工程造价；对工程用料、隐蔽工程进行质量和数量监控，防止施工单位偷工减料或以次充好。
审计组成员应经常深入施工现场，掌握工程进展、变更等真实情况，了解工程建设中涉及的有关技术问题，熟悉工程计量规则及有关费用的测算办法，并作好相关记录。
审计实施
包括资料审查、现场查证、形成审计意见的程序。审计实施过程中，应对审计程序、质量、进度进行跟踪检查，核对工程项目，登记工程核定单，留档留存，复核工程审计工作底稿，编写工程结算审核情况报告，编写财务审计工作底稿，最终审计结案。
审计报告与处理
主审对审计结果草拟审计报告征求意见稿，并将审计资料整理后一并送达科室负责人审核，草拟的审计报告经分管局长审核后送达被审计单位征求意见，主审负责填写审计报告反馈意见说明书，主审负责编写正式审计报告和审计决定，科室负责人负责填写审计报告审核意见书，递交法制部门复核。主审负责审计结果文书的送达及审计决定执行事项，由主审将审计结果文书送达科室统计员进行统计和上报，并进行审计回访。
后续审计
当审计流程结束得出审计报告，进行审计处理之后还可能存在后续审计，以确保审计结果的准确性和完整性。
通过以上步骤，可以对建设工程的程序进行全面、系统的审计，确保工程质量和资金使用的合规性。